Нужно было реализовать меню с помощью модулей: Taxonomy menu и pathauto.

Правильный шаблон для модуля pathauto:

Для таксономии: [term:parent:name]/[term:name]

Для ноды: [node:taxonomy-catalog:0:parents:join-path]/[node:taxonomy-catalog:0:name]/[node:title]

Результат вывода: napitki-chaynye/avtorskie-chaynye-napitki/napitok-chaynyy-ser-agidel-no23-angiofit